Uzumaki Naruto, um menino órfão de doze anos que, ao nascer, teve a Bijuu das Nove Caudas|Kyuubi no Yoko (Raposa Demônio de Nove Caudas) aprisionado em seu corpo, como forma de proteger a Vila Oculta da Folha da destruição que esse demônio causaria. Discriminado e confundido como o "próprio demônio" pelas pessoas da vila, Uzumaki Naruto viveu toda sua infância solitariamente.

Seu sonho é tornar-se o maior ninja de sua vila, garantido o título de "Hokage". Ingressando-se na Academia Ninja, ele acaba criando vínculos com Uchiha Sasuke e Haruno Sakura, que são seus colegas de equipe, e Hatake Kakashi.

Se passa dois anos e meio após a partida de Uzumaki Naruto para um treinamento com Jiraiya para fora de Konohagakure no Sato. Após seu retorno, Uzumaki Naruto e sua equipe, agora em nova formação, engajam em uma investigação da Akatsuki, e de um possível resgate de Uchiha Sasuke, agora sob comando de Orochimaru. O principal empecilho de Uzumaki Naruto, e Konohagakure no Sato, em Naruto: Shippuuden é a organização Akatsuki, que procura capturar todos os Jinchuurikis.