Shindou Hikaru, estudante da sexta série, estava no sótão da casa do seu avô, junto com sua amiga Akari, procurando coisas para vender. Acha um tabuleiro de Go (goban), e quando vai limpar percebe que está manchado de sangue. Mas sua amiga não consegue ver isso. Ao tentar limpar o sangue ouve uma voz e vê um fantasma. Assustado, Hikaru desmaia. Ao acordar, o fantasma conta a sua história. Ele é Fujiwara no Sai, exímio jogador de Go que viveu no período Heian como um dos tutores de Go do Imperador que, devido a um incidente (revelado mais tarde no anime) tira a própria vida. Ainda assim não consegue descansar em paz, pois tinha um objetivo: a Mão de Deus (神の一手, Kammi no itte?), e seu espírito acabou ficando preso no tabuleiro de Go.

Sai quer continuar em busca de seu objetivo, mas Hikaru não sabe nada de Go, além de achar o jogo muito chato. Depois da ajuda em uma prova de História, Hikaru concorda em levar Sai a um Clube de Go.

Assim, Hikaru joga a sua primeira partida (na verdade quem joga é Sai), contra Touya Akira, o único garoto de sua idade que estava no Clube de Go. Ocorre uma partida de alto nível, pois Akira tem o mesmo nível de um Pro (nome dado aos profissionais do jogo). Depois da vitória, descobre que Akira é na verdade filho do maior jogador de Go da atualidade, Touya-Meiji. Akira decide perseguir Hikaru (Sai), e para evitar mais problemas, Hikaru sempre foge dele. Enquanto isso, Hikaru aprende a gostar de Go e decide perseguir Akira para vencê-lo com as próprias mãos.

E a história segue com o aprendizado de Hikaru e a "rivalidade-amizade" entre Hikaru e Akira.